香港非典疫情過後，人們終於從黑暗中走出來。腦外科醫師程吉美（吳啟華飾）得知前女友過世的消息後，突然情緒激動、自責、憂鬱。驗屍官順雅慶（黎姿飾）陪伴在他身邊，鼓勵他重建信仰。急診李國素（林保怡飾）與女友結束戀情，卻與骨科醫生葉濤（吳美恆飾）、醫生鄭書琪（劉蓓兒飾）陷入三角戀。心臟科醫生林敏芝（陳浩飾）不幸感染非典，留下後遺症。為了保全自己的名譽，他隱瞞了自己的病情，但病情卻一天天惡化。婦產科醫生萬恩生（邵美琪飾）和急診醫生打算向長仁（高永蓮飾）住在一起。但由於護理師邰玉英（姚建一飾）的介入，他們面臨情緒考驗。《妙手3》是香港TVB製作的現代醫學紀錄片電視劇《妙手》的第三部。製片人齊齊一和編劇周旭明的黃金組合精心打造了這部「大師系列」。該系列的風格延續了前兩個系列的經典特徵。一如既往，醫護人員在現場協助拍攝，繼續講述值班醫護人員的故事…